一年战争已告一段落的三年后，基于地球联邦军重建计划而被提议的“高达开发计划”开始执行，其中的两台原型机RX-78GP01与RX-78GP02A为了实施性能测试而搬运至澳大利亚"托林顿"基地，但是吉恩残党查知此项计划，并且袭击该基地企图夺取装载有核弹的GP02A。曾经被称呼为“所罗门的恶梦”的吉恩军王牌机师阿纳贝尔•卡多少校（又译为阿纳贝鲁•卡图）成功的搭上了GP02A，但是在企图脱离的GP02A面前，新手测试驾驶员浦木宏驾驶了GP01拦阻，揭开了宇宙世纪0083年迪拉兹纷争的序幕。

机械化帝国是一个不重视生命的机械帝国，首领是机械神，以攻占星球并把其机械化为已任。而除了地球，包括月球在内，整个太阳系已被机械化了。峰崎拳一，立花浩美和朝冈忍子春风校园六年级生。就在他们回校参加开业礼时，机械化帝国的第一机械王齿车王开始攻击地球。就在峰崎拳一等人快要受袭，守卫地球的艾度兰打开一个时空裂缝，三人回到六千四百万年前的世界。这时光之人艾度兰已经差不多耗尽所有能量，于是他把三只恐龙型机械交给他们。这次保护地球对抗机械化帝国的重任，就落在春风校园六年二组身上了。由于齿车王多次失败，失去机械神的信任，最后一战更被新机械王电气王所杀。电气王乘坐机械神所给予的黑色战神对抗哥修罗，强调力量的他，经常利用军事武器变成机械兽，在某次战役受重伤，与黑色战神同化，但最后也战死。

从五次元而来的邪恶军团“嘉克帝国”开始准备进攻地球了。而阻挡他们的是从古代开始就保护地球的艾鲁多兰和他所驾驶的雷神王。可是，雷神王被帝国的司令官贝路塞夫卑鄙的手段所伤，而坠落到地球……雷神王坠落到阳升学园里，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属托付给5年3班的学生后逝去……就这样，只有小学生参加的「地球防卫组织」成立。第二天，嘉克帝国的机器人废气邪恶兽·艾提索斯出现。这时，学生们手中的雷神金属闪耀出光芒，当白鸟玛丽亚将雷神金属放到课桌上时，教室变成了司令部。三位学生日向仁、月城飞鸟和星山吼儿成为了剑王、凤凰和兽王的驾驶员，出击迎战“嘉克帝国”的邪恶兽。在战斗中，小岛勉发现三台机器人可以合体，三人最后合体成雷神王，成功地打倒了邪恶兽。就这样，小学生组成的「地球防卫组织」和邪恶的嘉克帝国的战斗开始了……