SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。

从五次元而来的邪恶军团“嘉克帝国”开始准备进攻地球了。而阻挡他们的是从古代开始就保护地球的艾鲁多兰和他所驾驶的雷神王。可是，雷神王被帝国的司令官贝路塞夫卑鄙的手段所伤，而坠落到地球……雷神王坠落到阳升学园里，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属托付给5年3班的学生后逝去……就这样，只有小学生参加的「地球防卫组织」成立。第二天，嘉克帝国的机器人废气邪恶兽·艾提索斯出现。这时，学生们手中的雷神金属闪耀出光芒，当白鸟玛丽亚将雷神金属放到课桌上时，教室变成了司令部。三位学生日向仁、月城飞鸟和星山吼儿成为了剑王、凤凰和兽王的驾驶员，出击迎战“嘉克帝国”的邪恶兽。在战斗中，小岛勉发现三台机器人可以合体，三人最后合体成雷神王，成功地打倒了邪恶兽。就这样，小学生组成的「地球防卫组织」和邪恶的嘉克帝国的战斗开始了……

尼路路星球人美儿（渡边菜生子 配音）和爷爷他们乘坐的太空船发生故障，落到了阿尔卑斯山脚下的一个小岛上，从此留下来生活。尼路路星球人把高档猫当成敌人，每天都在训练防止受到侵犯。活泼善良的美儿每天除了训练外，还和小鸟们玩耍每天都非常快乐。后来美儿和小伙伴们外出玩时，看到了一座漂亮的大房子里因哮喘病发作刚刚死去的玛利亚（安田亚希江 配音），美儿眼泪滴到了玛利亚的脸上救活了她（尼路路星球人少女的眼泪是生命之泉），从此成了好朋友。玛利亚从小就体弱多病，两岁时母亲去世，父亲工作太忙经常不在家，只有潘妮老师在家陪她，使她变得越来越孤独忧伤，活泼开朗的美儿的出现，会使玛利亚今后的生活发生哪些惊奇变化呢？