双叶幼稚园的小朋友们来到了高快乐园，在此进行愉快的远足活动。期间，小新（矢岛晶子 配音）在误打误撞之中来到了高快马戏团内，看到了木偶娃娃多佩玛（渊崎有里子 配音）。多佩玛告诉小新，自己被邪恶的乔奇莉诺（室井深雪 配音）施下了诅咒只能在晚上现身，而这个马戏团其实是邪恶的马卡欧（大冢芳忠 配音）和裘马（田中秀幸 配音）两人的老巢，而小新拥有能够将他们打败的扑克牌。

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1996年，人类的探索之旅延伸至地球之外的火星，但美苏冷战的战火也蔓延到了火星。同年10月3日，一群被选入联合国赞助的宇宙文化社（太空体验班）的青少年抵达火星，却突然遭到名为SPT的神秘移动武器的袭击。驾驶着蓝色SPT的少年阿尔巴特罗斯·纳尔·阿格·阿苏卡挺身而出，将他们从困境中解救出来。他透露，地球正遭受格拉多斯星球的威胁，而他自己则是半地球人半格拉多斯人的混血儿。宇宙文化社的青少年们起初对阿格抱有怀疑，但在战斗中，他们的友谊逐渐加深。为了共同返回地球，他们逃离了火星，踏上了艰辛的旅程。

隆（清水宏次朗 配音）和肯（羽贺研二 配音）是年轻的武道家，毕生的理想就是追求更强健的体魄和更强大的力量，为了磨炼技艺，两人结伴而行开始了周游世界的旅程，只为了寻找更加强大的对手，探索各自的极限。一路上，两人遇见了许多和他们志同道合的好友——活泼可爱的春丽（藤谷美纪 配音）、刚正不阿的古烈（津嘉山正种 配音）、不断突破着自我的飞龙（船木诚胜 配音），好友们在一起切磋比试，彼此之间技艺都有了很大的长进，隆更是因为遇见了一位神秘的师父，习得了破坏力巨大的“波动拳”。他们共同的敌人是强大而又邪恶的维加，一行人能否团结一心，组织维加的阴谋呢？