双叶幼稚园的小朋友们来到了高快乐园，在此进行愉快的远足活动。期间，小新（矢岛晶子 配音）在误打误撞之中来到了高快马戏团内，看到了木偶娃娃多佩玛（渊崎有里子 配音）。多佩玛告诉小新，自己被邪恶的乔奇莉诺（室井深雪 配音）施下了诅咒只能在晚上现身，而这个马戏团其实是邪恶的马卡欧（大冢芳忠 配音）和裘马（田中秀幸 配音）两人的老巢，而小新拥有能够将他们打败的扑克牌。

生日没有任何人祝福，这样过着寂寞生活的大学生次郎（小出惠介饰）在20岁生日那天突然遇到了生命中的那个“她”（绫瀨遥饰）。二人共渡了一个美好的夜晚。是夜，“她”从次郎的眼前消失了。一年后的生日，本以为还将回归寂寞生活的次郎再次遇到了“她”。这一次，“她”讲出了惊天的故事：“我是未来次郎你创造的机器人，回到过去来保护你免受灾难。”就这样，“她”住进了次郎家中，开始了与次郎的同居生活。灾难似乎没有离开次郎的意思，但次郎与她的感情已在其中萌发。爱与时间的感人故事，守护未来的约定，开始今天的生活。

连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相，黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时，怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役，机动警察部队挺身而出。