该片讲述前作三年后的故事，治理广岛架空都市吴原市黑社会的传说中的刑警大上章吾去世之后，年轻的主人公日冈继承他的遗志，继续为一方和平努力的故事。

《孤狼之血》的故事背景为1988年施行《黑社会对策法》之前的广岛。被派到当地警署的日冈秀一，与传闻中跟黑社会有勾结的刑警大上章吾一起，负责调查金融公司员工失踪案。日冈因为大上异于常人的调查手段困惑不已。而同时，以失踪案为开端，对立的黑社会团体之间的抗争激化了，此时大上却 想出了一个大胆的计划……

十九世纪，日本内战进行中，只见旧幕府势力节节败退，新政府军持续挺进。位于决定性领地的「新发田」藩，虽表态拥护幕府老东家，关键渡口却仅派十一位将士前往驻守防御新政府军。而这些将士，其实是藩主另以除罪为诱，命死囚假扮而成。转眼，新政府大军兵临城下！不只盗贼赌徒，还有强奸犯、杀人犯、纵火犯外加一名傻子，看这十一名乌合之军如何一路逃命挨打，到最后却拚死奋力一搏。