《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
中原野战军奉命南下，准备参加渡江作战。这时，隐藏、逃窜在豫西南深山密林中的民团残余势力、土匪得到消息后相互串联，钻出深山抢粮食，烧房子，攻打县政府和区政府，直接威胁到豫西南新生政权的稳固。解放军一七三师独立团接到上级命令，立即回师豫西地区，迎头痛击疯狂作乱的土匪武装，一百多股土匪大部分被消灭，剩余的土匪又重新钻进了深山老林，逃之夭夭。独立团团长杨振武在当地政府的配合下，成立了剿匪指挥部。
一九四五年，解放战争打响，中国大地战火纷飞。此时的大连得到苏联的援助，维持了表面的和平。但在一派祥和下实则暗流涌动，国民党反动派蠢蠢欲动，伺机破坏我党与苏联红军的接洽。这一背景下，当年因为参加“抗日放火团”而被敌人追捕的女英雄高大霞（佟丽娅 饰）受组织委派回到大连执行任务，意外邂逅了中共干部傅家庄（陈昊 饰）。脾性大相径庭的他们在一次次危机中逐渐成为可靠的战友，也生发了感情，在与国民党的较量中，取得了“夺城之战”的胜利。高大霞屡受冤屈，仍坚定信仰，不忘初心，她胆大心细，识破敌人的阴谋，带领广大人民群众完成了“从草屋到天堂”的“搬家运动”。高大霞和傅家庄等革命战士们以坚定的共产主义信仰同心同力，最终彻底铲除了国民党的残兵顽将。经历了一次次险象环生的磨难，高大霞和傅家庄终成眷属，收获了爱情的果实。
上官透（罗云熙 饰演）和重雪芝（陈钰琪 饰演）并肩闯荡江湖，潇洒俊逸的月上谷谷主、国师之子上官透，多次帮助重火宫宫主重雪芝转危为安。几次同生共死让两人相识相知并深深相恋。然而命运的捉弄将他们拆散，不得不继续履行各自的使命。但永不止息的江湖纷争让他们再次相遇。两人突破重重阻碍走到一起，齐力拆穿一切阴谋，令武林恢复了和平，而他们却选择归隐尘世。
三十八岁的杨光（杨议 饰）是一名中医大夫，师从布乐堂名医杜仲。经历了离婚的杨光独自抚养患有先天性心脏病的儿子杨小光，并与师父杜仲一家感情深厚。然而，洪满堂对杜茯苓和杨光青梅竹马的关系心存疑虑，他的不安和自卑在婚后没有子嗣的背景下愈发加剧。他对杨光怀有戒心，甚至开始怀疑杨光对杜茯苓心怀不轨。尽管杨光努力维护洪满堂与杜茯苓的婚姻，尽心尽力，仍然无论怎样都难以消除洪满堂的疑虑，自己却因此蒙受了越来越多的误解与委屈。
讲述了3个原生家庭有缺失的孩子组成了一个非血缘关系的家庭，兄妹三人彼此扶持成长，逐渐治愈了内心的伤，与过去的自己和解，成为了更好的人。
兼职狂人”林鹿与外冷内热男总裁时敛森之间的故事。带着“钱罐子”精神的拼命小姐林鹿与她眼中的“败家子”时敛森相爱相杀，在互斗互虐中，两人发现彼此心中不能触碰的小秘密，竟产生了守护彼此又难以言说的心意。
谭景天（张耀 饰）和金灵（楚月 饰）分别前往泰国参加交流学习，因一起走私印度国蝶引发的失足女虐杀案与泰国警长瓦拉里洛结识，三人开始联手屡破奇案。然而危机就在他们身边，在侦破一起连环杀人案过程中发现金灵已经成为凶手下一个目标。
高等法院暂委法官言惠知（佘诗曼 饰）正值事业高峰，但一宗案件令她人生逆转。为阻止社会出现更多“恶魔少年”，言官不惜放弃前途，主动降职担任少年法庭的裁判官。面对一宗又一宗严重的少年案件，她择善固执，坚持正义，也要救赎这些脱轨少年的人生。
该剧讲述了抗日战争时期新四军连长飞毛腿(蒲巴甲饰)和国军猛虎师师长曾文虎(徐僧饰)之间的革命兄弟情，以及热血儿女保家卫国的传奇故事。
丁不闻在成长过程中意外经历爷爷的去世、挚友的离开，层层虚伪的事件背后掀开事情的真相，在此过程中相识盟友，与莫桑语相知，在仇恨和温情牵绊下复杂交织的励志成长故事。
民国初年，一桩警察离奇死亡案和著名富商谋杀案登上各个报纸头条，凶手扑朔迷离。警官们皆无从查起。受害人的未婚妻是名震一时后退隐多年的神探少女江司遥，为查出杀害丈夫和父亲的凶手，与闺蜜女警霍一宁联手追凶。在隐藏富家少爷叶时安的帮助下，三人一路频频涉险，江司遥不仅和闺蜜的情谊更深一层，也与叶时安擦出火花。三人接连侦破一系列连环悬案后，终将潜伏多年的恶势力连根铲出，也解开了江司遥当年的心结。随案件进展，江司遥发现曾经相爱的未婚夫竟然没死，如今以另一种身份归来。
